细菌性阴道炎难根治主要是由于其发病原因较为复杂，且容易受到多种因素影响而反复发作。
一方面，细菌性阴道炎的发生与阴道菌群失衡密切相关。正常情况下，阴道内存在多种微生物，相互制约、相互平衡。但当一些因素如频繁的性生活、不恰当的阴道冲洗、长期使用抗生素等破坏了这种平衡时，就可能导致有害菌过度繁殖而引发炎症。而且，即使经过治疗使炎症暂时消退，但如果后续这些诱发因素依然存在，就很容易导致炎症再次发生。另一方面，患者的生活习惯也对根治有重要影响。比如不注意外阴清洁、经常穿着紧身不透气的衣物、作息不规律导致免疫力低下等，都可能使阴道环境容易出现问题，让细菌性阴道炎难以彻底治愈。
部分患者可能在治疗过程中未严格遵医嘱用药，比如用药不规律、症状稍有缓解就自行停药等，这使得病菌不能被完全清除，从而残留下来，为日后的复发埋下隐患。同时，性伴侣如果未同时进行治疗，也可能通过性行为再次传染给患者。再加上女性的生理结构特殊，阴道口与尿道口、肛门临近，容易受到周围细菌的污染和侵袭。这些因素综合起来，使得细菌性阴道炎的根治面临诸多挑战，需要患者在治疗的同时，注重生活中的各个方面，保持良好的生活习惯和性行为卫生，积极配合医生进行规范、全程的治疗，以提高根治的可能性。
