肾结石手术的安全性是相对的，总体来说在现代医疗技术水平下是比较安全的，但也存在一定风险。
随着医疗技术的不断发展，肾结石手术已经有了多种成熟的方式，如体外冲击波碎石术、经皮肾镜取石术、输尿管软镜碎石取石术等。这些手术方式在经验丰富的医疗团队操作下，成功率较高。例如体外冲击波碎石术，是一种非侵入性的治疗方法，通过体外产生的冲击波聚焦于结石，将结石击碎后随尿液排出体外，一般对身体的损伤较小，安全性较高。经皮肾镜取石术和输尿管软镜碎石取石术虽然属于侵入性手术，但在术前医生会进行全面的评估，包括患者的身体状况、结石的大小、位置等因素。在手术过程中，医生会利用先进的设备和技术精确操作，尽量减少对周围组织的损伤。
任何手术都不可能完全没有风险。肾结石手术可能面临的风险包括出血、感染、周围脏器损伤等。比如经皮肾镜取石术可能会出现肾实质出血，如果出血量大可能需要进一步的止血治疗；手术过程中如果消毒不严格或者患者自身抵抗力差，可能会引发泌尿系统感染，严重的感染可能会导致败血症等严重并发症；在操作过程中，还有可能损伤到周围的脏器，如输尿管镜操作不当可能损伤输尿管。不过，这些风险的发生概率相对较低，并且医生会在术前做好充分的准备工作，术中谨慎操作，术后密切观察，以降低风险，提高手术的安全性。
