耳根子疼一般可在医生指导下服用非甾体类的抗炎药有镇痛、抗炎的作用，但引起耳根子疼的原因有很多，例如耳后皮脂腺囊肿、耳后淋巴结发炎、急性中耳炎等，还需要针对病因用药。
耳根子疼大多都是因为炎症感染引起的，如果疼痛比较明显时，可服用非甾体类的抗炎药，例如阿司匹林、布洛芬等，能够起到抗炎、镇痛以及解热的作用。
如果是因为耳后皮脂腺囊肿感染引起的，可局部涂抹莫匹罗星软膏、红霉素软膏等抗生素药膏，并配合口服抗生素药物，例如阿莫西林、头孢丙烯，刚感染控制住之后，可采取手术治疗，将囊肿切除。
如果是因为耳后淋巴结发炎引起的，主要是针对原发疾病进行治疗，大多数都需要口服抗生素药物。
另外也有可能是急性中耳炎引起的，需要局部使用左氧氟沙星、氧氟沙星滴耳液，并配合口服抗生素药物。
