肾结石微创手术能否清理干净取决于多种因素，总体来说有较大的清理干净的可能性，但不能保证绝对完全清理干净。
从结石本身的特性来看，如果结石的体积较小、形状规则且位置相对较好，例如位于肾盂等较开阔的部位，在微创手术中，医生可以通过先进的仪器，如输尿管软镜钬激光碎石术或者经皮肾镜取石术等，较为精准地定位结石并将其粉碎后取出或吸出，这种情况下清理干净的概率是比较高的。如果结石体积巨大，占据了多个肾盏，或者形状极不规则，像鹿角形结石，就可能会有部分结石碎片残留。另外，结石的成分也会影响清理效果，比如一水草酸钙结石质地较硬，粉碎相对困难，可能会有残留。
从手术操作方面而言，医生的经验和技术水平起着关键作用。经验丰富的医生能够熟练操作手术器械，准确判断结石的位置和周围组织的关系，尽可能地将结石清理干净。但手术过程中可能会受到一些不可预见的因素干扰，比如肾脏的解剖结构存在个体差异，有的患者肾盏的角度较为特殊，这会给器械到达结石部位带来困难，从而影响结石的彻底清除。而且，微创手术虽然创伤小，但视野相对开放手术还是有限的，这也在一定程度上增加了结石残留的风险。不过，随着技术的不断发展，如术中超声、X线等辅助定位手段的应用，也在不断提高结石清除的成功率。
