性器官发育不良可能与男性荷尔蒙分泌不足有关，但并非唯一原因。男性荷尔蒙如睾酮在性器官发育中起关键作用，分泌不足可能导致阴茎、睾丸等发育迟缓或异常。遗传因素、染色体异常如克氏综合征、下丘脑-垂体功能障碍或外生殖器对荷尔蒙反应异常也可能导致类似表现，需综合评估病因。
男性荷尔蒙分泌不足通常与下丘脑-垂体-性腺轴功能异常相关。下丘脑分泌促性腺激素释放激素GnRH，刺激垂体释放黄体生成素LH和卵泡刺激素FSH，进而促进睾丸合成睾酮。若任一环节受损，如垂体瘤、先天性GnRH缺乏如卡尔曼综合征或睾丸本身病变如隐睾症，均可能导致睾酮水平低下。肥胖、慢性疾病或长期使用糖皮质激素等外因也可能抑制荷尔蒙分泌。诊断需结合激素检测如血清睾酮、LH、FSH、影像学检查如垂体MRI和基因分析。
注意事项包括避免自行补充睾酮，需在专业医生指导下治疗。过量外源性睾酮可能抑制自身分泌，加重睾丸萎缩。儿童或青少年患者需谨慎使用激素替代，避免骨骺过早闭合影响身高。对于先天性病因，如染色体异常，需遗传咨询。生活方式调整如减重、规律运动可能改善轻度荷尔蒙失衡。治疗期间需定期监测激素水平、骨密度及前列腺健康，警惕心血管风险。若伴随心理困扰，建议同步心理干预。
