菟丝子的毒性较低，在常规使用剂量下对人体相对安全。作为一味传统中药材，菟丝子被记载具有补益肝肾、固精缩尿等功效，其毒性反应在历代本草文献中鲜少提及。现代毒理学菟丝子水提物在动物实验中未表现出明显急性毒性，临床使用时仍需遵循专业指导。
菟丝子的安全性与其炮制方法和用量密切相关。生品可能含有少量生物碱类成分，但经过规范的炒制或盐炙后，其潜在刺激性物质会进一步降低。研究数据表明，成人每日用量控制在10-15克范围内通常不会引发不良反应。部分动物实验显示，超大剂量灌服可能引起胃肠黏膜轻度刺激，但未见肝肾功能损伤的报道。菟丝子寄生特性使其可能吸收宿主植物的次生代谢产物，若寄生在有毒植物上可能导致成分变异，但此类情况在人工栽培品中极少发生。
使用菟丝子时应避免与不明来源的野生品混淆，尤其是自行采集时需严格鉴别。孕妇及过敏体质者建议在医师指导下使用，防止个体差异导致的不良反应。长期连续服用超过三个月者，建议定期监测血压和电解质水平。与降压药或利尿剂联合使用时可能存在协同效应，需警惕血压过度下降的风险。储存时需注意防潮防霉变，霉变产物可能增加毒性风险。临床报道的极少数不良反应多与超量用药或配伍不当有关，规范使用可确保安全性。
