小便时肚脐眼疼可能是泌尿系统感染、肠道疾病、脐部感染、膀胱结石、前列腺炎等原因导致的。具体分析如下：
1.泌尿系统感染：泌尿系统感染时，炎症刺激可导致排尿时疼痛，疼痛可能放射至肚脐眼周围。细菌感染尿道、膀胱等部位，如大肠杆菌等常见病菌，会引起黏膜充血、水肿。患者常伴有尿频、尿急、尿痛等症状。平时应注意个人卫生，多喝水、多排尿，以冲洗尿道，减少细菌滋生。必要时遵医嘱使用抗生素治疗。
2.肠道疾病：如肠炎、肠痉挛等肠道问题也可能引起。肠炎可能是由于细菌、病毒感染或者饮食不当造成的肠道黏膜炎症，肠痉挛则多是由于肠壁平滑肌强烈收缩。肠道与肚脐眼位置临近，在小便时腹压变化可能刺激肠道引发疼痛。患者可能有腹泻、腹胀等症状。要注意调整饮食结构，避免食用生冷、刺激性食物，根据病因进行抗感染或对症治疗。
3.脐部感染：脐部如果发生感染，炎症刺激周围组织。可能是因为脐部清洁不到位，细菌滋生引起。表现为脐部红肿、疼痛，在小便时由于腹部肌肉的牵动，会加重疼痛。要保持脐部清洁干燥，可使用碘伏等消毒剂进行局部消毒，严重时需就医处理。
4.膀胱结石：膀胱内存在结石，在小便过程中结石移动，刺激膀胱黏膜或者堵塞尿道内口，引起疼痛，疼痛可放射至肚脐眼周围。患者可能会出现排尿中断、血尿等症状。较小的结石可通过多喝水、多运动促进排出，较大的结石可能需要手术治疗。
5.前列腺炎：男性前列腺炎时，前列腺充血、肿大，排尿时会产生疼痛，疼痛可牵涉到肚脐眼下方区域。久坐、酗酒、细菌感染等都可能诱发前列腺炎。患者常伴有尿频、尿不尽、会阴部坠胀等症状。要避免久坐、酗酒等不良生活习惯，可进行温水坐浴等缓解症状，必要时进行药物或物理治疗。
如果小便时肚脐眼疼的症状持续不缓解或者加重，应及时就医，进行详细的检查，如尿常规、腹部超声等，以明确病因并进行针对性的治疗。
