扁桃体发炎好转后咳嗽可能是炎症累及下呼吸道，引起咽喉炎、支气管炎、肺炎等疾病引起的。
1.咽喉炎。炎症累及下呼吸道引起咽喉炎，导致咽喉黏膜、黏膜下组织和淋巴组织发生急性炎症，引起声音嘶哑、咽喉痛、咳嗽等症状。严重的患者也会出现畏寒、发热、食欲减退等全身症状。
2.支气管炎。支气管炎主要是由消化道炎症引起的。治愈扁桃体发炎过程中，如果炎症累及下呼吸道形成支气管炎，造成气管、支气管黏膜及其周围组织发生慢性非特异性炎症，则会引起鼻塞、咳痰、反复咳嗽等现象。
3.肺炎。扁桃体发炎好转后，如果体内仍然存在少量细菌感染，在人体免疫力下降时，细菌侵入肺泡，导致肺部感染，造成发烧、咳嗽、恶心等症状。
