发酵中药的优势主要体现在增强药效、降低毒性和提高生物利用度等方面。通过微生物发酵，中药中的有效成分得以转化或分解，产生新的活性物质，从而提升治疗效果。同时，发酵过程能减少部分药材的毒性或刺激性，使其更安全适用于临床。发酵后的中药成分更易被人体吸收，显著提高了生物利用度。
发酵中药的独特之处在于微生物的参与能够分解大分子物质，如蛋白质、多糖等，将其转化为小分子活性成分。这一过程不仅保留了药材的原有功效，还可能生成新的药理活性物质，增强抗炎、抗氧化或免疫调节作用。例如，发酵后的黄芪中多糖结构发生变化，更易被肠道吸收，从而提升免疫调节效果。发酵能降低某些药材的苦寒性质，如大黄经发酵后泻下作用缓和，更适合体质虚弱者使用。发酵工艺还能缩短部分药材的起效时间，使传统中药更符合现代医疗需求。
使用发酵中药时需注意工艺标准化与质量控制。不同菌种、发酵条件可能导致产物差异，需严格监控发酵过程以确保药效稳定。部分发酵中药可能含有活菌成分，免疫功能低下者需谨慎使用。发酵并非适用于所有药材，某些成分可能在发酵过程中降解失效，需结合具体药材特性选择合适工艺。临床应用中应遵循辨证论治原则，避免盲目追求发酵技术而忽视中药的传统配伍规律。
