会厌囊肿有可能自行消失，但概率较低，多数情况需要医学干预。这类囊肿通常由黏液潴留或慢性炎症引起，体积较小的囊肿在消除诱因后可能逐渐吸收，例如控制反流性咽喉炎或减少声带过度使用后。然而临床观察显示，超过5毫米的囊肿自愈率不足20%，尤其对于存在明显咽喉异物感或呼吸不畅的症状性囊肿，主动治疗更为必要。
会厌囊肿的消退与病理类型密切相关。潴留性囊肿因导管堵塞形成，若早期解除梗阻因素，如控制感染或减少机械刺激，囊内黏液可能重新排出。但表皮样囊肿或先天性囊肿因结构差异，几乎不会自然消退。喉镜检查可明确囊肿性质，超声或CT能评估深层浸润情况。对于持续增大或影响吞咽功能的囊肿，低温等离子消融或喉显微手术是主流方案，术后复发率低于5%。孕妇等特殊人群若出现囊肿增长加速，需在耳鼻喉科与产科联合监测下处理。
定期复查是监测囊肿变化的关键，建议每3-6个月进行电子喉镜检查。避免辛辣饮食和烟酒刺激可降低黏膜炎症风险。出现突发性呼吸困难、咯血或发热需立即就医，提示可能存在囊肿感染或破裂。术后患者应禁声两周，使用质子泵抑制剂控制胃酸反流。儿童患者需排除喉气囊等先天畸形，老年人则要注意与喉部肿瘤的鉴别诊断。嗓音训练对预防功能性声带病变诱发的囊肿有明确效果。
