扁桃体发炎伴随发烧通常持续3-5天，具体时长取决于病因、体质和治疗方式。病毒性感染多为自限性，发热3天左右可缓解；细菌性感染需抗生素干预，完全退烧可能需5天或更久。若免疫力较弱或未规范用药，病程可能延长至1周以上。
扁桃体发炎发烧的病程与病原体类型密切相关。病毒性感染如腺病毒、流感病毒等，通常引起低至中度发热38℃左右，咽喉肿痛明显，但多数在72小时内随免疫系统清除病毒而逐渐缓解。细菌性感染以A组链球菌常见，易引发39℃以上高热，扁桃体可见脓性分泌物，需足量青霉素类抗生素治疗，发热多在用药后48-72小时减退。儿童因免疫系统未完善，发热持续时间可能比成人多1-2天。合并脱水、营养不良等基础状况时，恢复速度会明显减缓。
发热期间需每日监测体温3次，超过38.5℃可服用对乙酰氨基酚等退热药。使用抗生素需完成全程疗程，即使症状消退也不宜提前停药。饮用温水或淡盐水保持口腔湿润，避免辛辣刺激食物加重黏膜损伤。若72小时后仍持续高热、出现皮疹或意识模糊，提示可能存在并发症需急诊处理。恢复期出现关节痛、血尿等症状需警惕链球菌感染后的风湿热或肾炎。老年人与婴幼儿群体尤其要注意观察尿量及精神状态，预防脱水或热性惊厥。
