小儿支原体肺炎在大多数情况下积极治疗后不会有后遗症，但少数情况下可能会存在一些潜在问题。
小儿支原体肺炎如果能及时诊断并进行有效的治疗，肺部的炎症会逐渐消退，肺功能也会恢复正常。一般来说，孩子的身体能够较好地自我修复。在一些病情较为严重的病例中，可能会出现一些情况。例如，若肺炎导致了严重的肺部实变，在恢复过程中可能会有局部肺组织的结构和功能受到一定影响，比如肺通气功能可能会有轻微的下降，但随着孩子的生长发育，这种情况可能会逐渐改善。另外，如果在患病期间合并了其他严重的并发症，如心血管系统受累，可能会对心脏功能产生一定的影响，不过这种情况相对较少见。而且，反复感染支原体肺炎可能会使孩子的呼吸道处于一种较为敏感的状态，日后更容易患上呼吸道疾病，但这也不是绝对意义上的后遗症，通过加强护理和提高孩子的免疫力可以减少这种情况的发生。
在治疗小儿支原体肺炎时，医生会根据病情的严重程度选择合适的治疗方案，如使用大环内酯类抗生素等。家长也需要积极配合，让孩子充分休息、保证营养摄入等。同时，在孩子康复后，也要注意孩子的生活环境、适当进行体育锻炼等，以增强孩子的体质，减少疾病复发的可能性，从而最大程度地避免可能出现的不良影响。
