载脂蛋白E与老年痴呆密切相关，是老年痴呆发病的重要遗传风险因素。
老年痴呆，即阿尔茨海默病，是一种进行性发展的神经系统退行性疾病。载脂蛋白E在其中扮演着重要角色。载脂蛋白E主要有三种等位基因，即ε2、ε3和ε4。其中，携带载脂蛋白Eε4等位基因的个体患老年痴呆的风险显著增加。这是因为载脂蛋白E参与了大脑中胆固醇的运输和代谢等重要过程。胆固醇对于神经元的正常功能和突触可塑性至关重要。当载脂蛋白E的基因型为ε4时，可能会影响胆固醇的代谢平衡，导致大脑内胆固醇分布异常，进而影响神经元的功能和存活。载脂蛋白Eε4还可能通过影响淀粉样蛋白的代谢，促进淀粉样斑块的形成和沉积。淀粉样斑块是老年痴呆的典型病理特征之一。载脂蛋白E可以与淀粉样蛋白结合，携带载脂蛋白Eε4的个体可能更容易促进淀粉样蛋白的聚集和沉积，加速老年痴呆的病理进程。而且，载脂蛋白E还可能影响神经炎症反应。在老年痴呆患者中，常常伴随着神经炎症的发生，而载脂蛋白Eε4可能会加重炎症反应，进一步损伤神经元。载脂蛋白E与老年痴呆存在紧密联系，其ε4等位基因是老年痴呆的重要风险因素，但并非携带该基因就一定会患老年痴呆，只是风险增加，其他遗传和环境因素也在老年痴呆的发生发展中起着重要作用。
