清水鼻涕本身不是细菌也不是病毒，而是鼻腔黏膜在受到某些刺激包括细菌或病毒感染等多种因素时产生的一种分泌物。
当人体感染病毒时，比如普通感冒病毒，病毒入侵鼻腔黏膜细胞后，会引发身体的免疫反应。鼻腔黏膜的杯状细胞和黏膜下的腺体就会增加分泌活动，产生大量清水样的分泌物，也就是清水鼻涕。是因为病毒感染导致鼻腔黏膜的血管通透性增加，血浆渗出，同时腺体分泌亢进，从而出现清水鼻涕的症状。而且在感染初期，清水鼻涕往往比较明显，这是身体试图通过分泌液体来冲刷走病毒等有害物质的一种自我保护机制。
细菌感染有时也可能导致清水鼻涕，但更多时候细菌感染会使鼻涕变得浓稠、发黄或发绿。不过在细菌感染的早期阶段，也可能先出现清水鼻涕的情况。例如鼻窦炎如果是细菌感染引起的，在发病初期可能由于鼻腔黏膜受到细菌毒素等刺激，出现短暂的清水鼻涕，随着感染的进展，细菌大量繁殖，炎症加重，白细胞聚集与细菌战斗后死亡，就会使鼻涕的性状发生改变。除了感染因素，像过敏反应也会导致清水鼻涕，当鼻腔接触到过敏原，如花粉、尘螨等，免疫系统会将其视为有害物质并启动免疫反应，鼻腔黏膜就会分泌清水样物质，这与感染病毒或细菌时的免疫反应有相似之处，但机制又不完全相同。
