肾囊肿和肾结石哪个更严重不能一概而论，这取决于多种因素，包括病变的大小、位置、是否引起并发症等，但总体来说，在某些情况下肾结石可能相对更严重一些。
肾囊肿是肾脏内出现大小不等的与外界不相通的囊性肿块。大多数肾囊肿患者没有明显症状，对肾功能影响较小，很多时候是在体检时偶然发现的。较小的肾囊肿不需要特殊处理，只要定期复查观察其大小变化即可。即使是较大的肾囊肿，如果没有压迫周围组织等情况，通过手术等方式也可以较好地治疗，预后通常较好。
肾结石则不同，是晶体物质如钙、草酸、尿酸、胱氨酸等在肾脏的异常聚积所致。小的肾结石可能会在肾脏内移动，引起肾绞痛，这种疼痛非常剧烈，患者往往难以忍受。如果结石堵塞尿路，会导致肾积水，长时间的肾积水会压迫肾实质，影响肾功能，严重时可导致肾衰竭。而且肾结石还容易复发，需要患者在日常生活中特别注意饮食和生活习惯等方面的调整。另外，肾结石如果引发泌尿系统感染，可能会进一步加重肾脏的损伤，甚至可能引起全身性的感染症状，如发热、寒战等，处理起来相对复杂，对肾脏和身体整体健康的潜在威胁较大。不过，如果肾囊肿出现破裂、出血或者恶变等严重并发症时，也会对患者的生命健康造成极大威胁。
