宝宝咽喉疱疹反复发烧多数是原发病未能得到控制，常见的有手足口病、疱疹性咽峡炎等。
如果宝宝咽喉疱疹反复发烧是由手足口病引起，多数是宝宝的免疫功能下降，导致肠道病毒入侵机体而诱发的传染性疾病，由于原发疾病未能得到控制，病毒在机体内大量繁殖，持续对体温调节中枢功能造成刺激，所以会出现反复发烧的症状，同时还伴有咽喉疼痛。
如果宝宝咽喉疱疹反复发烧是由疱疹性咽峡炎引起，多数是柯萨奇A组病毒造成的传染性疾病。由于该疾病未能得到有效控制，导致病毒在体内持续繁殖，使机体的产热量明显增多，所以会出现反复发烧症状，同时还伴有局部肿胀、疼痛等。
