紫芝可以直接食用，但需经过适当处理。新鲜紫芝质地较硬且含有苦味成分，直接生食口感较差且可能刺激肠胃。传统食用方法为切片晒干后煎煮或泡水，高温能有效软化纤维并释放活性物质。现代药理学研究证实，紫芝多糖和三萜类化合物需通过水煮或醇提才能更好溶出，直接咀嚼新鲜子实体吸收率不足10%。
紫芝作为传统药用真菌，其安全性已得到长期实践验证。中国药典记载紫芝性平味甘，需经过炮制后入药。实验室分析显示，新鲜紫芝含有微量灵芝酸D和灵芝醛等成分，可能引起轻微消化道不适。建议采用沸水煮制30分钟以上，可使大分子物质分解为更易吸收的小分子。台湾大学食品科技研究所2021年研究发现，经120℃高温处理后的紫芝提取物，其抗氧化活性比新鲜样本提升3.6倍。民间常用紫芝与枸杞、红枣配伍炖汤，既能调和苦味又可增强补益效果。
食用紫芝需注意来源可靠性，野生品种可能因生长环境积累重金属。慢性病患者服用抗凝药物时应咨询医师，紫芝中的腺苷成分可能影响凝血功能。部分人群初次食用可能出现轻微腹胀或皮疹，建议首次用量控制在3-5克干品。孕妇及婴幼儿不宜自行服用，相关安全性研究数据尚不充分。购买时选择有有机认证的产品，避免硫磺熏蒸过的劣质品。正确保存应将干品置于阴凉干燥处，潮湿环境易导致霉变产生有毒物质。
