杜衡根在传统医学中有用于治疗疮毒的记录。其根茎含有挥发油、黄酮类等成分，具有一定的抗菌消炎作用，民间常外敷或配伍其他药物治疗皮肤疮疡、肿毒等症状。现代研究也发现其提取物对部分致病菌有抑制作用，但具体疗效需结合病情判断。
传统医学认为杜衡根性辛温，能散风除湿、解毒消肿。外用时多捣烂敷患处，或煎汤熏洗，对初期疮痈、无名肿痛可能有一定缓解效果。部分古籍如《本草拾遗》提到其主疮疡，而《福建民间草药》记载其可消肿解毒。疮毒成因复杂，可能涉及细菌感染、湿热蕴结等，单味药效果有限，严重化脓性感染仍需结合现代医学手段。
使用杜衡根需辨证施治，体质阴虚火旺者慎用，孕妇忌用。外敷可能出现皮肤过敏，应先小范围试用。疮毒溃烂后避免直接涂抹，防止刺激伤口。植物采集易混淆，需确认品种为马兜铃科杜衡而非有毒相似品。治疗期间应保持患处清洁，若症状无改善或加重，应立即停用并就医。现代临床更推荐在医生指导下配合抗生素等规范治疗，避免延误病情。
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