汉坦病毒感染后如果及时发现并进行规范治疗，大多数患者是能够痊愈的。
汉坦病毒感染人体后主要引起肾综合征出血热HFRS和汉坦病毒肺综合征HPS。对于肾综合征出血热患者，在疾病的发热期，通过对症处理，如降温、补充液体等，能缓解症状。进入低血压休克期，及时补充血容量、纠正酸中毒等措施可改善病情。少尿期的合理治疗有助于防止并发症的发生，多尿期注意维持水电解质平衡，恢复期患者的身体机能可逐渐恢复正常。大部分患者经过积极的综合治疗后可以痊愈，不过少数患者可能会遗留高血压、肾功能障碍等后遗症。而汉坦病毒肺综合征相对较为凶险，但如果在早期能够识别并给予呼吸支持、抗病毒等治疗，也有治愈的可能。
在治疗过程中，患者的免疫力也起着重要作用。年轻、身体状况较好、没有严重基础疾病的患者往往预后较好。同时，预防汉坦病毒感染也非常关键，比如避免接触鼠类及其排泄物、保持居住环境的清洁卫生等措施，可以减少感染的风险，从而避免遭受汉坦病毒感染带来的健康威胁。
