夜明砂具有一定毒性，使用时需谨慎。作为中药材，夜明砂是蝙蝠粪便经炮制后的产物，传统医学认为其具有清热明目、散血消积的功效，但现代研究表明其中可能含有致病微生物、重金属等有害成分，直接摄入存在健康风险。
夜明砂的毒性主要来源于蝙蝠的食性与生存环境。蝙蝠以昆虫、果实为食，粪便中可能残留寄生虫卵或病原体，如汉坦病毒、狂犬病毒等。炮制不当的夜明砂易滋生霉菌，产生黄曲霉毒素等致癌物。蝙蝠栖息地若受工业污染，粪便可能富集铅、砷等重金属，长期服用会导致慢性中毒。中医典籍虽记载其药用价值，但现代药理实验显示，其有效成分尚不明确，而风险因素已被多项研究证实。部分国家已禁止夜明砂入药，中国药典亦强调需严格遵循炮制规范。
使用夜明砂前必须咨询专业医师，避免自行采制或购买来源不明的产品。孕妇、儿童、免疫力低下者禁用，健康人群也需控制剂量与疗程。出现头晕、腹泻等中毒症状应立即停用并就医。储存时需防潮防霉，定期检查是否变质。替代方案上，决明子、菊花等药材同样具有明目功效且安全性更高，建议优先考虑。医疗机构使用夜明砂时需进行微生物限度与重金属检测，确保符合药典标准。
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