肾结石早晨痛可能是因为体位改变、尿液浓缩、交感神经兴奋、炎症刺激、局部梗阻。具体分析如下：
1.体位改变：早晨起床时身体体位发生较大变化，结石在肾脏内的位置也可能随之改变。当结石移动时，容易刺激肾盂、输尿管等部位的黏膜，从而引发疼痛。对于这种情况，患者应尽量避免突然的剧烈体位变动，起床时动作宜缓慢。
2.尿液浓缩：经过一夜睡眠，人体没有摄入水分，肾脏持续产生尿液，尿液处于浓缩状态。浓缩的尿液中晶体物质浓度升高，容易导致结石周围的化学环境改变，刺激结石周围组织，引起疼痛。患者应养成睡前适量饮水的习惯，以稀释尿液。
3.交感神经兴奋：早晨人体的交感神经相对兴奋，会使肾血管收缩。可能导致肾脏局部缺血、缺氧，对于存在肾结石的患者，肾脏内的结石会对缺血、缺氧更为敏感的组织产生刺激，进而引发疼痛。患者要保持规律作息，避免过度劳累和精神紧张。
4.炎症刺激：肾结石容易引发泌尿系统的炎症，早晨时炎症因子在局部积聚。炎症会刺激周围神经末梢，导致疼痛加剧。患者需要注意个人卫生，必要时遵医嘱使用抗生素进行治疗。
5.局部梗阻：如果结石在肾盂输尿管连接处或输尿管内造成梗阻，经过一夜的尿液蓄积，梗阻部位上方的压力不断升高，早晨时这种压力变化达到一定程度，就会引发疼痛。患者应及时就医，根据结石大小等情况选择合适的治疗方案。
肾结石早晨疼痛是多种因素共同作用的结果，了解这些因素有助于患者更好地应对疾病，同时也提醒患者要重视肾结石的治疗和日常护理，以减轻疼痛症状，避免病情进一步发展。
