小阴茎能否治好需要根据具体病因判断，部分情况是可以治好的。
小阴茎是指阴茎外观正常，但长度小于正常阴茎平均长度2.5个标准差以上。如果小阴茎是由内分泌因素引起的，比如下丘脑-垂体-性腺轴功能异常，雄激素分泌不足等情况，在青春期前通过补充相应的激素进行规范治疗，通常可以取得较好的效果。例如，对于先天性促性腺激素分泌不足引起的小阴茎，可以使用绒毛膜促性腺激素等药物进行治疗，刺激睾丸间质细胞发育并分泌睾酮，从而促进阴茎的生长发育。如果是因为肥胖导致耻骨前脂肪堆积，使阴茎外观短小，通过合理的减肥，减少耻骨前脂肪的厚度，阴茎的外观长度也会得到改善。
也存在一些情况较难治愈。如果小阴茎是由于染色体异常，如克氏综合征等先天性疾病导致的，这种情况下治疗相对复杂且效果可能有限。因为染色体异常通常会影响到生殖器官的整体发育，除了阴茎短小外，还可能伴有睾丸发育不良、无精子症等多种问题。虽然可以通过雄激素替代治疗来改善一些第二性征，但对于阴茎短小的改善程度可能达不到理想状态。另外，如果小阴茎是由于某些严重的外伤或手术损伤了阴茎海绵体等重要结构，修复起来也非常困难，完全治愈也比较棘手。不过随着医疗技术的不断发展，如组织工程学等新兴技术的研究和探索，未来对于这些难治性小阴茎可能会有更多的治疗方法和希望。
