先天性阴茎短小可以通过医学手段进行干预和治疗。现代医学针对这一发育异常问题，已形成包括激素治疗、手术矫正及心理辅导在内的综合治疗方案，具体疗效因个体差异而不同，但多数情况下能显著改善生理功能与生活质量。
先天性阴茎短小的治疗需结合病因与发育阶段制定方案。儿童期若确诊与激素分泌不足相关，儿科内分泌科常采用生长激素或睾酮补充治疗，促进阴茎发育。成年后若仍存在明显短小且影响功能，可考虑阴茎延长术或增粗术，这类手术通过释放阴茎韧带或填充材料实现形态改善，但需严格评估手术风险。部分病例伴随尿道下裂等畸形，需优先进行整形修复。心理咨询不可或缺，尤其青春期患者易因身体差异产生焦虑，专业心理支持能缓解压力。
治疗前必须完成全面检查，排除染色体异常或内分泌疾病等潜在病因。激素治疗需严格监测骨龄与激素水平，避免过早骨骺闭合。手术存在感染、瘢痕等风险，应选择资质齐全的医疗机构。术后需遵循医嘱进行康复训练，避免剧烈运动。患者及家属应理性看待治疗效果，阴茎长度并非性功能的唯一标准，加强盆底肌锻炼或性行为指导同样重要。未成年人治疗需监护人充分知情同意，成年患者需签署书面协议。任何治疗方案均需以保障身心健康为前提。
