严重的生殖器畸形通过现代医学手段通常可以得到有效治疗或改善。治疗目标包括恢复功能、改善外观及提升生活质量，具体效果取决于畸形类型、严重程度及个体情况。早期诊断和干预对预后至关重要，多数患者经过规范治疗后可获得满意结果。
生殖器畸形的治疗需结合多学科协作，包括泌尿外科、整形外科、内分泌科等。手术矫正是主要手段，如尿道下裂、阴茎弯曲等可通过一次或多次手术修复。先天性无阴道患者可通过阴道成形术重建。激素治疗适用于性腺发育异常者。部分复杂畸形需分期手术，术后可能需长期随访及功能训练。近年来3D打印技术辅助手术规划提高了精确度，组织工程技术为重建提供新选择。心理干预同样重要，专业心理咨询有助于应对治疗过程中的情绪问题。治疗方案的制定需全面评估解剖结构、功能状态及个人需求，医患充分沟通后实施。
治疗过程中需注意术后护理对恢复至关重要，保持伤口清洁、预防感染需严格执行。定期复查能及时发现并发症，如瘢痕挛缩或吻合口狭窄。生育功能保留问题需在治疗前充分讨论，部分患者可能需要辅助生殖技术。激素替代治疗者需监测药物副作用。心理支持应贯穿全程，家庭成员的理解配合有助于康复。选择有丰富经验的医疗团队可降低手术风险，患者应如实告知全部病史及用药情况。治疗预期需保持合理，某些情况下可能需要接受功能或外观的适度缺陷。
