早上小腹疼痛常见的原因有以下几种：

1.肠道痉挛。多数人有晨起排便的习惯，在夜晚睡觉如腹部受凉时，晨起排便前会有肠道痉挛的情况出现。当肠道痉挛会引发局部肠管张力增高，出现早上小腹疼痛的表现。

2.泌尿系结石的排石过程。多数泌尿系结石在肾盂生成，夜间平卧容易导致尿液充盈，使结石沿尿液下行。当晨起时直立体位结石进入输尿管第三狭窄，靠近膀胱入口，会刺激输尿管引起小腹疼痛不适。

3.功能性肠病肠易激综合征，多有晨起或餐后小腹疼痛并多次排便的表现。