肾结核的治疗分为一般治疗、药物治疗、手术治疗和并发症的治疗。肾结核一般治疗主要需要充分的营养和休息，适度的体育活动对于肾结核患者的康复非常重要。一般患者无需卧床休息，抗结核化学药物对控制肾结核病有决定性的作用，合理的药物治疗可以缩短传染期，降低病死率和感染率。同全身结核病一样，泌尿系结核合理化疗的原则也是早期、联合、适量、规律和全程使用敏感药物。而如果抗结核药物治疗，虽然可以使绝大部分的肾结核患者治愈，但仍有部分患者药物效果不佳，则需要进行手术治疗。手术方式的选择需要根据患者病变的程度范围以及并发症等情况决定。需要注意的是，任何手术治疗都必须配合强有力的药物治疗。而并发症的处理，对于膀胱挛缩的治疗，挛缩较轻的病例中可以通过训练患者逐渐延长排尿间隔时间使膀胱容量逐渐增大，而绝大多数膀胱挛缩需要手术治疗。