胃真菌病大部分情况下不能自愈。如果是单纯的胃真菌病，可以使用抗真菌的药物进行治疗。平时还需要多注意饮食，按时定量进餐，少食多餐。吃些比较容易消化的食物，需要戒除烟、酒，不能服用对胃部有刺激性的药物。

严重的胃真菌病，可形成溃疡穿孔，导致急性腹膜炎的表现。其治疗主要是抗真菌治疗，也可以应用抗生素，如链霉素、庆大霉素，以及抗真菌药物。

同时，加用质子泵抑制剂，如奥美拉唑等；还可以用改善症状的药物，例如止吐药和胃黏膜保护剂类药物。