在正常人体内内是有一定量的真菌存在的，而胃内真菌与其他细菌相互制约，从而达到一种菌群平衡的状态，所以在正常的人体没有胃真菌病的发生。但是由于某些因素引起患者胃内菌群失调，就可以出现为真菌病的发生；如果患者出现已有免疫力低下，尤其胃黏膜损伤，胃粘膜血液循环障碍，或者是胃免疫功能低下的情况下，会引起菌群失调的情况发生，那么真菌在胃内就会出现有大量的生长繁殖，从而引起疾病的发生，就会出现有胃真菌病；这类真菌主要是白色念珠菌和曲霉菌，而放线菌比较少见；主要是在胃黏膜形成一种白喉样的假膜，逐渐病情发展，成为溃疡阳表现，有的患者可能会在粘膜下层有血管血栓的形成，溃疡可以呈现为单个表现，也可以呈现为多个溃疡同时存在，有时可以累及整个胃壁，病情严重的患者甚至可以形成穿孔；建议患者及时选择抗真菌的药物进行治疗，大多数的患者经过治疗以后，病情都可以得到明显的缓解，这就是胃真菌病的发病机制。