自身免疫性脑炎后遗症，常见是存在癫痫发作、认知功能下降、心理障碍、耳鸣、幻觉、心慌心悸、手抖、肌张力障碍等等，如果是儿童，有可能会导致智力发育迟缓或者生长发育受限。

如果由于病毒性脑炎损伤脑神经细胞比较明显的情况下，有可能会导致瘫痪，甚至有可能会导致失语，也有可能会引起生命危险，还有可能会导致心跳出现变化，或者呼吸频率出现改变，但大部分病毒性脑炎是属于自限性疾病，在积极治疗以后大部分是可以恢复的，除非是治疗不及时或者病情非常重的，有可能会导致遗留后遗症。