自身免疫性脑炎患者的后遗症主要取决于患者病变侵犯大脑的部位。

大多数患者的病变可能会为颞叶或者是额叶，患者可能会留有癫痫发作和精神症状等后遗症，也可能会出现肢体感觉和运动功能障碍等后遗症的表现，也可以出现语言功能障碍，比如运动性失语、感觉性失语和混合性失语，有些患者会出现头晕和平衡障碍等。

发生自身免疫性脑炎时，首先要及时地住院进行综合治疗，包括脑保护治疗、对症支持治疗，同时要积极治疗原发病。患者发病后如果早期能够积极地治疗，部分患者可能会治愈，大多数患者可能会留有后遗症。