喉咙有囊肿，可能有以下的原因：

1.先天性原因。有可能与患者有喉小囊异常扩大或者水肿狭窄、异常发育有关系，并且与局部形成囊液有关系，这种属于先天畸形。

2.有可能与患者后天反复有咽喉部的慢性炎症刺激有关系。如长期咽喉炎、反复发生的会厌炎、喉头水肿等有关疾病。

3.有可能与患者经常吃硬的东西有关系。这种硬东西容易划伤喉咙黏膜，比如会厌舌面黏膜，导致局部囊肿分泌潴留破坏，导致囊液形成囊肿。

总之，喉咙有囊肿是一种疾病。如果囊肿很小，可以观察，囊肿比较大，影响吞咽，影响呼吸，一般建议尽快手术切除。