儿童不自主地点头可能是因为抽动症而导致，抽动症属于常见慢性疾病的一种，大多数发生在4~12岁的儿童身上。而导致儿童抽动症的病因目前尚未清楚，可能是因为受到惊吓或者精神过于紧张而诱发。

抽动症发作的时候会导致面部肌肉和肢体肌肉反复的抽动，不过大部分的患儿都可以自愈。但是有一部分患儿随着时间推迟，病情会加重，表现为冲动性触摸东西、踢脚、走路旋转等自己无法控制的动作。

此外，可能是因为缺乏微量元素而导致。比如缺钙也会引起不自主的点头等异常动作，需要及时带孩子到医院进行相关的检查，明确病因然后对症治疗。