益生菌可以调整肠道的有益菌群，从而改善肠道的功能。肠道菌群失调可导致腹泻、便秘等，益生菌有助于肠道菌群的恢复，对有效缓解治疗与预防腹泻、便秘均起到作用。

原发性肠套叠与回盲部生理结构、肠蠕动的节律紊乱有关。继发性肠套叠与肠道疾病、腹部外伤等因素有关。肠蠕动正常节律紊乱时，可引发肠套叠。

引起肠蠕动正常节律紊乱的病因有腹泻、便秘、消化不良，饮食不规律，添加辅食种类过多，食物过敏等。从这个角度讲，益生菌调整肠道的功能，从而减少肠套叠的发病率有一定的关系。