肛门长小疙瘩，可能与尖锐湿疣、皮脂腺囊肿、肛周湿疹、脂肪瘤等原因有关。

尖锐湿疣是性传播疾病，在发病之前往往有过不洁的性生活史，由于体内感染人乳头瘤病毒引起的，主要表现为肛门有颗粒状的肉凸起，伴有瘙痒、疼痛，严重时会形成菜花状的凸起。皮脂腺囊肿，主要是肛门局部的皮脂腺发生堵塞，造成分泌物潴留，形成囊性的凸起，合并感染时会形成毛囊炎，引起小疙瘩。

肛周湿疹，也可导致局部出现斑丘疹样改变、伴有瘙痒，经常挠破会渗出液体，引起局部的皮肤呈苔藓样的改变。脂肪瘤也可引起肛门局部形成小疙瘩，是因为脂肪细胞堆积形成的。