早期的肛瘘有可能会肛门一直疼痛。部分肛瘘瘘管内会有持续的感染，而感染会导致局部的疼痛症状。

但大多数的肛瘘疼痛呈间歇性发作，也就是当瘘管内出现急性感染时，患者会出现局部的肿痛症状，是由于瘘管内脓液积聚所导致的，当脓液积聚到一定程度，外口会破溃，脓液会经外口流出，随即疼痛症状即能缓解。

当下次瘘管内感染时，类似症状会再次出现，如此反复发作，就是肛瘘的典型症状。如果外口无法破溃，脓液无法流出，就会出现类似于肛周脓肿的持续肿痛症状。