肛瘘的早期症状主要表现为局部肿痛以及流脓症状。当肛瘘瘘管内出现感染时，瘘管内就会积存脓液而导致局部肿痛症状，疼痛严重的会出现类似于肛周脓肿的症状。

瘘管内积存的脓液会经肛瘘的外口或者内口流出，就表现为肛门周围流脓症状，脓液流出以后疼痛症状就会明显缓解，而肛门周围反复的流脓，会导致患者出现肛门周围潮湿症状。

随着病程的延长肛瘘有可能会继续加重，范围会扩大，长期慢性的炎症刺激会导致肛门周围出现瘙痒，瘘管周围组织会出现瘢痕化，有可能会影响肛门扩约功能。