低位肛瘘指的是瘘道的位置位于肛门外括约肌深部以下。诊断低位肛瘘时，首先需要去医院的肛肠科就诊，详细询问患者的病情、既往表现、临床症状等。

肛瘘的患者往往有肛周脓肿，脓肿自行溃破或行脓肿切开引流的病史。患者的症状是脓肿破溃或切开引流以后,伤口不愈合，反复地肿痛流脓。

查体时会发现肛门周围的皮肤有凹陷或凸起的外口，按压外口有脓液流出；瘘管比较浅的，可扪及皮下有条索状物通向肛内；肛内触诊，可触及内口处凹陷或有硬结；肛门镜检查，可见内口所在的肛窦水肿、充血，按压索条有时可见有脓液流出。