高位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以上，分为高位单纯性肛瘘和高位复杂性肛瘘。高位肛瘘的内口，一般会在齿状线附近的肛隐窝处。

肛肠科大夫首先通过，指诊来确定是否有高位肛瘘，从外口向肛内触摸，重压下才能感到条索状物。甚至是触摸不到，表示瘘管较深。还可以进行X线摄片瘘管造影，来确定是不是高位肛瘘。

方法是将碘化油或泛影葡胺等造影剂从外口缓慢注入，大约5分钟后开始摄片。因造影剂可以显影，这时就可明显的看到瘘管的深浅、分支，以及邻近器官的关系。根据影像学检查，可以指导手术。