棘阿米巴角膜炎是由于感染棘阿米巴原虫引起的一种复杂性角膜炎，病情大多发展缓慢，病程长久。

在治疗方面多采取联合用药的方式治疗。例如利用双咪唑、联咪唑、咪唑类、氨基糖苷类药物联合使用。本病多会引起角膜上皮破损、基质层溶解、角膜溃疡等病变，在疾病的早期可进行角膜上皮的刮除，以减少病灶的深层感染。

在治疗时，还要结合具体病症，定期调整用药，例如可由初期的2小时每次，逐渐减量调整为3~4次每日，病程多于3个月，需坚持治疗。