预防肛瘘首先要合理饮食，多吃富含纤维素的新鲜蔬菜和水果，少吃辛辣、刺激性食物，忌酒。

肛管内出现肛窦炎，要及时治疗，以免发生肛周脓肿和肛瘘。肛门出现疼痛、坠胀不适，要查清原因，对症治疗。保持大便通畅，防止便秘和腹泻，便秘时干硬粪便容易擦伤肛窦，腹泻反复排稀便也会使肛窦受到刺激而产生炎症。

要治疗引起肛瘘的炎症性肠病，如溃疡性结肠炎、克罗恩病等，要保持肛周清洁卫生，勤换内衣、内裤。