头部CT和头部核磁共振的主要区别在于二者的侧重点不同，对于不同疾病的诊断的优势不同。

头部CT和头部核磁共振都是针对脑部疾病诊断的检查手段，被广泛应用于临床。头部CT相对于头部核磁共振，操作更简单便捷，并且头部CT费用较低，能够更好的被患者所接受。

在临床上对于颅脑外伤和脑出血的患者具有重要的诊断意义，而头部核磁共振虽然说费用较高，操作时间较长，但是对于颅内脑血管疾病的诊断具有举足轻重的地位。并且对于脑梗塞的患者，头部核磁共振能够明确病灶的部位，了解病变的性质，起到指导下一步的治疗作用。