甲状舌囊肿及瘘管主要是由于在胚胎发育时期，甲状舌管退化不完全造成的。

甲状舌囊肿及瘘管的治疗主要以手术为主，如果是在手术前患者已经出现了炎症，需要使用药物进行抗感染治疗，在炎症消退后才可进行手术。手术常用的方法有sistrunk术、扩大sistrunk术以及激光囊肿切除术。

甲状舌囊肿及瘘管一旦发现后，如果不进行及时的治疗，很有可能会发生癌变。如果已经发生了癌变，通常情况下还需要针对癌症进行手术以及放化疗。