甲状舌囊肿及瘘管主要是由于在胚胎发育的第8周，甲状舌管退化不完全引起的。

甲状舌囊肿及瘘管是一种先天畸形疾病，容易发生反复感染，因此一旦确诊后，需要及早进行治疗。目前临床上对于甲状舌囊肿及瘘管的治疗主要以手术为主，如果患者已经出现了感染，在手术之前还需要进行抗感染治疗，在炎症消退后才可以进行手术。

绝大多数患者经过及时有效的治疗后，症状会明显缓解，但是可能会具有一定的复发性，因此患者在术后应定期到医院进行复查，一旦出现复发的情况后，应及早进行治疗。