意识混乱可能是感染了尼帕病毒，但也可以是感染其他病毒、细菌或其他病原体，甚至是中枢神经系统疾病，如肿瘤等。

意识混乱是一种严重的神经症状，提示着患者中枢神经系统受到累及。如果患者出现意识混乱的同时，伴有发热症状，往往提示感染性疾病。

除了尼帕病毒，其他的病毒，如发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒、乙脑病毒等，均可以造成意识混乱。细菌感染、其他病原体，如立克次体、梅毒螺旋体感染，也可以造成意识混乱。如果患者不伴有发热，慢性起病，也要注意是否有中枢神经系统的肿瘤、占位性病变等情况。