一只眼睛在眨眼的时候疼痛，需要根据不同的病因予以对应处理。

1.当合并结膜结石导致的眨眼疼痛，需要予以促进角膜上皮愈合的眼药水进行缓解，例如玻璃酸钠眼药水、小牛血清眼用凝胶等。

2.当内麦粒肿导致眼睛眨眼疼痛，需要予以局部的热敷治疗，通过热敷可以缓解眼部的疼痛，促进炎症消退，同时配合使用抗生素的眼药水、眼膏进行治疗。一旦形成脓肿，需要进行手术切开排脓。

3.如果是倒睫导致的眨眼痛，少量的倒睫可以予以拔除，大量的倒睫需要进行倒睫矫正手术。

4.如果是角膜上皮剥脱导致的眨眼痛，在排除感染的前提下，可以使用角膜绷带镜缓解，同时配合使用贝复舒眼药水等。