卵巢囊肿手术以后大多数都不会有明显的并发症。现在的卵巢囊肿一般都是采取腹腔镜的微创手术来进行手术操作，手术对于病人的损伤很小，术后恢复也很快，大多数没有并发症。

但是，所有的手术都可能会发生相应的并发症，有可能发生的并发症包括手术以后的伤口感染，包括腹部的切口部位的感染以及腹腔内的感染。如果是卵巢、子宫内膜异位囊肿的手术，还有可能由于腹腔内有陈旧性的积血沉积在盆腹腔的腹膜，造成继发的盆腔、子宫内膜异位病灶，还有可能会出现卵巢、子宫内膜异位囊肿的复发。

另外，就是术后的感染。如果盆腔严重的疼痛、发烧的现象有可能是发生了术后盆腔感染的并发症，需要及时地进行抗炎治疗。