男性生殖器本身一般不会觉得疼痛，但如果引起并发症可能引起疼痛。

隐睾是最常见的生殖器畸形，其本身不会引起疼痛，但如果隐睾发生扭转、恶变，会导致所处的部位疼痛，需要及时手术治疗。

包茎是最简单的生殖器畸形，包茎本身也不会引起疼痛，如果包茎引起泌尿系统感染，甚至是尿潴留，会引起尿痛、腹部胀痛等症状，所以要尽早行手术治疗。

有些生殖器畸形永远不会引起疼痛，比如先天性的无睾症、输精管缺如、重复输精管、睾丸融合、双阴茎等。