眨眼睛时眼睛感觉有时候会疼，考虑是由于眼睛有炎症造成的或者是结膜和角膜异物刺激造成的。

在眼睛结膜或角膜有炎症或异物存留时，会造成眼睛充血、疼痛、异物感等不适症状，眨眼睛时由于睑结膜和角膜相互摩擦会出现眼睛疼痛的感觉。

出现这种症状时，建议去医院眼科就诊检查，明确有无结膜或角膜异物。如果有异物及时进行取出以解除异物刺激，缓解眼睛不适症状，如果是结膜或者角膜炎症需要滴抗生素滴眼液治疗。

还有一种情况就是长有结膜结石，结石突出于睑结膜面，也会出现眨眼睛时眼睛疼痛的症状，当出现这种症状时需要到眼科取出结石。