超声碎石治疗，严格按照适应症以及禁忌症去治疗，基本上对肾脏的影响比较小，不会出现肾脏损伤。

部分患者由于碎石次数多，会对肾脏造成一定的损伤，最常见的就是出血。

这是由于粉碎过程中的结石，对其周围小血管的造成损伤，而导致出血，通常1～2天便能自愈。也有少数的病人会出现血肿，这时就要卧床休息，2周左右就可以自愈。

但也有极少数的病人，会引起严重的肾脏损伤；有些会由对肾脏组织的损伤，发展成肾功能损伤，所以碎石对肾脏的损伤也因人而异。大部分情况都是轻微的损伤，通过积极的对症治疗，都可以恢复。