肛隐窝炎的慢性期无明显症状，但常有肛内的轻微隐痛坠胀不适感，或者是肛腺分泌减少，肛管干涩，排便不畅等。

在急性期常有疼痛，偶有刺痛，排便时因粪块压迫肛隐窝而疼痛加重。一般疼痛数分钟即可停止，如果括约肌受刺激而痉挛，则疼痛加剧，并可波及臀部、会阴部和骶尾部等处，引起酸胀不适或者小便不畅。

肛隐窝炎的急性期分泌物增多，如果是有便秘，粪便常带少许粘液，此种粘液，常在粪便前排出，有时会混有血丝。

肛门皮肤潮湿不洁，常有痒感，患者也因为肛门不洁，内裤污染而精神不爽。